番茄从种子萌发到第一片真叶出现为发芽期。正常情况下种子发芽需7~9天，需积温175~180℃。番茄种子发芽及出苗取决于水分、温度、通气条件及覆土的厚度。当光照、水分、气体条件都适宜的情况下，日平均温度为25℃时需7天，日平均温度为20℃时需9天发芽，温度越低发芽期越长。
在干燥的种子在发芽时吸水量虽然由于温度等有所不同，但是吸水总量相当大。种子吸水分两个阶段进行。第一个阶段为急剧吸水阶段，在浸种后迅速地吸收水分，30分钟左右就吸收种子千重50%的水分，2小时达到种子干重65%的水分。第二阶段为缓慢吸水阶段，这一过程约需要5~6小时，大约吸收种子干重25%的水分。番茄种子约经7~8小时的吸水过程，可达到种子千重的90%左右。因此，生产中番茄一般的浸种时间为8小时左右。此时种子含水量适宜即可正常发芽。
番茄种子吸水后胚根伸长，表现出向地性，胚轴伸长，在胚轴上端子叶基部的胚芽也相继出现。开始生根后大约2~4天子叶出现，这时生长点已分化成两片真叶。由于子叶和幼芽的出现，含有叶绿素的组织开始活跃，由子叶开始进行光合作用，根系吸收无机养分。番茄种子从发芽到子叶展开，生长所需的养分由种子本身来供应，属于异养生长过程。子叶出来2~3天后，所含的营养物质很快被幼芽所消耗，幼苗通过光合作用制造养分，从异养转向自养。
因此，番茄幼苗生育前期，子叶是光合作用的主要器官，所以子叶好坏对幼苗营养生长和花芽分化起着重要作用。再经2~3天，幼苗第一片真叶开始破心，此时真叶已分化到3~4片，番茄的生长进入了幼苗期。
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