根据发病时危害部位我们可以分为危害根系、茎杆木质部、茎杆髓部三种类型。
①危害根系
危害西红柿根系的主要是各类根腐病，其中主要包括番茄褐色根腐病和番茄疫霉根腐病。番茄褐色根腐病又称“木栓根”，由番茄棘壳孢引起，主要危害茎基部和根部，发病时根系表皮变褐木栓化。番茄疫霉根腐病由疫霉菌引起，发病初期主根尖端、侧根、不定根出现水浸状褐色腐烂，茎基部或根部导管变为深褐色，根茎腐烂不长新根。
②危害茎杆木质部
生产中危害茎杆木质部的病害主要包括枯萎病、黄萎病、青枯病。番茄枯萎病由番茄尖镰孢引起，主要危害茎杆木质部，导致茎杆木质部变褐，发病时通常同一株上半边叶片变黄，有时同一株的两个分枝中一个发病一个正常。番茄黄萎病由由大丽花轮枝孢引起，主要危害茎杆木质部，导致茎杆木质部变褐，发病时植株叶片从下往上变黄。番茄青枯病由细菌侵染引起，主要危害维管束，导致维管束变褐（与枯萎病和黄萎病相比病茎的韧皮部也会出现一些变色），横切病茎用手挤压可见菌脓。发病时先从顶部叶片萎蔫，病害发生快，不黄叶。
③危害茎杆髓部
危害茎杆髓部的主要病害是番茄溃疡病和番茄细菌性髓部坏死，两种病均由细菌引起，但发病症状不同。番茄溃疡病危害茎杆髓部和韧皮部，受害部位变褐色，后期病茎中空。发病时叶片从边缘开始变黄干枯，果柄也可受害内部韧皮部和髓部变褐色。番茄细菌性髓部坏死主要危害茎杆髓部，受害植株髓部变暗褐色水烂有臭味，严重时表皮发黑水烂。
以上几种病害侵染根系的番茄褐色根腐病、番茄疫霉根腐病，以及侵染茎杆木质部的枯萎病、黄萎病、青枯病，侵染途径主要是根系，特别是定植到开花的一段时间是病害防治的关键时期
危害茎杆髓部的细菌性髓部坏死、细菌性溃疡病主要通过植株茎杆、叶、根等的伤口侵染。要及时选择合适的天气整枝打叶，避开连阴天及棚中高湿的环境；及时喷施中生菌素、可杀得叁仟、橙亮等细菌性药剂。
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