棚室番茄栽培为番茄提供了良好的生长环境，同时也为多种细菌病害创造了良好的生长条件。棚室内番茄果实上容易发生的细菌性病害表现为凹陷斑、鸟眼斑、果实穰变色腐烂等，这些症状是由以下细菌性病害造成的。
疮痂病
番茄果实、茎、叶均可染病。果实染病，主要为害青果与幼果，初生圆形褪绿隆起的白色小点，后中间凹陷呈暗褐色或黑褐色隆起环斑。
防治：在发病初期可用47％春雷·王铜可湿粉600倍液或37％苯醚甲环唑水分散粒剂3500~4000倍喷洒，5~7天一次，连防1~2次。
溃疡病
在番茄整个生育期叶柄、茎叶均可发病。果实染病，在果面上生成鸟眼斑，中央暗褐色疮痂状隆起，四周乳白色，鸟眼状，严重时病斑连片并且粗糙高于果面。
防治：可在病发初及时使用20％噻森铜悬浮剂400倍液或40％农用链霉素可溶性粉剂2000倍液、30％壬菌铜微乳剂330~410倍液浇灌，连续1~2次。
软腐病：可危害茎部，主要危害果实。果实染病初期，果面呈水渍状色变，果皮完整，而果肉变色腐烂并且成粥状，有恶臭味。
防治：在阴天或露水未干时不要进行打扠、剪叶等农事操作。在浇水时不要大水漫灌与田间积水。在发病初期可喷洒47％春雷·王铜可湿性粉剂600倍液、86.2％氧化亚铜乳油1000倍液或40％农用链霉素可溶性粉剂2000倍液防治。
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