茎基腐病与根腐病经常致辣椒死棵严重，它的发病特点有一个共同特性，那就是发病的植株一般长势较弱，发病后治愈率低，再是发病部位基本在地表面附近位置。所以，培养辣椒壮苗，增加植株的抗逆性，是防止辣椒死棵的重要保障。
所谓培养壮苗，就要从播种前准备工作做起，现在育苗基本是使用穴盘，穴盘最好使用新的，以免各种病菌及虫卵传播。若继续使用旧盘，要彻底消毒，具体做法是：将旧穴盘用清水洗净凉干，用高猛酸钾消毒液浸泡10~15分钟，取出后用清水冲洗凉干后待用。基质应选用营养全面的，用百菌清、甲霜灵、多菌灵等消毒，同时加入适量菌肥混匀装盘，及时播种喷水，通风调温，控制苗子徒长，8片叶时即可定植。
定植时用恶霉灵、普力克等蘸盘，预防根部病害。定植浇完缓苗水后，根据墒情适当控制水份，勤划锄松土，增加土壤的透气性，促进根系深扎，以培育出较建壮的根系，使植株壮而不旺，抗逆能力大大增强，同时提高了抵抗各种病菌侵染的能力，辣椒的死棵现象明显降低。
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